금속노조와 사용자들이 중앙교섭을 실시한 배경은 2002년 노사 간에 체결한 기본협약에 근거를 두고 있으며, 이 협약서에는 "조속한 시일 내에 사용자단체를 구성하기 위해 노력한다. 2002년 10월부터 사용자단체 준비를 위한 실무위원회를 조합과 함께 구성한다"고 되어 있다.

 이에 따라 금속노사는 기본협약에 명시된 내용을 실행하기 위해 2002년 12월 20일 제1차 전국노사실무회의를 시작으로 2003년 4월 22일 제7차에 이르는 전국노사실무회의를 개최하여 사용자단체의 구성에 대한 협의를 하였으며, 또한 사용자들은 2003년 3월 21일 제3차 전국노사실무회의 시에 2003년 단협 갱신을 앞둔 사업장에 한해 금속노조의 통일요구를 중앙교섭대상으로 하자고 제안하여, 금속노조와 공방 끝에 2003년 4월 22일 제7차 전국노사실무회의 때에 금속노조와 중앙교섭을 위한 조건에 대한 합의를 하였다.

 2003년 8월 22일 중앙교섭 체결 시에 사용자단체 구성에 대한 사항을 기본협약에 포함하여 2002년 합의내용을 재확인하는 합의를 하였으며, 그 후 2004년 중앙교섭을 시작하면서 사용자들은 2004년 4월 8일 금속노조와 중앙교섭을 원만히 진행하기 위하여 "금속산업사용자협의회를 구성하여 임한다"라는 확약서를 각 지역 대표들이 연서명으로 금속노조에 제출하였다. 그 후 2004년 7월 6일 금속노사 간 잠정합의 시 부속합의사항으로 "금속노조관계사용자는 사용자단체로서 2005년 중앙교섭에 참여한다"고 합의하였다.

 2005년 3월 30일 14차 전국노사실무위원회에서 사용자측은 사용자단체 구성과 관련해서 "금속산업사용자 단체설립 추진위원회를 2005년 4/4분기 내에 구성하고, 2006년 1/4분기 내에 회칙 제정을 완료하여 2006년 3/4분기 내에 임원 선출 및 조직 체계를 완료한다"는 구체적인 실행방안을 제시하였으나 금속노조는 이러한 사용자측의 사용자단체 구성 방안을 받아들이지 않으면서 2005년 중앙교섭 사용자대표를 인정하지 않는 등 이후 파행이 계속되었다.

 사용자측은 2005년 3월 31일 제8차 교섭에서 종전의 사용자단체 구성방안보다 진일보한 구성계획서를 제출하였으며, 동 계획서에는 2005년 6월까지 사용자단체 추진위원회를 구성하여 8월까지 사용자단체 구성에 관한 계획안을 수립하여 설명회를 개최하고, 10월까지 각 회사의 동의를 받아 사용자단체 운영에 필요한 회칙(안)을 마련한 후 2006년 2월까지 사용자단체 창립총회를 개최하여 회칙제정과 임원선출을 완료한다는 내용이 포함되었다.

 그러나 이러한 교섭 정상화를 위한 사용자측의 노력에도 불구하고 금속노조에서는 "금속산업사용자협의회의 구성형태는 법인이어야 하며 올해 중앙교섭이 끝나기 전까지 법인등록을 완료한 사용자단체로서 중앙교섭의 조인식에 서명"할 것을 요구하였으며, 금속노조는 2005년 6월 2일 각 지부교섭 시 불법 파업을 무기로 "2005년 중앙교섭 조인식 때 법인 등록된 사용자단체 명의로 체결할 것"과 '2005년 중앙교섭 잠정합의 전까지 사용자단체의 정관과 임원 구성 등 세부사항을 마련하여 제출할 것'이 명시된 금속노조에서 만든 동의서를 각 지역 대표들로부터 서명을 받기에 이르렀다.

 이후 2005년 6월 7일 제9차 교섭에서 금속노조는 사용자대표가 동 동의서에 서명하면 대표로서 인정해 준다고 하였으나, 사용자대표는 "중앙교섭 사항을 지부교섭에서 개별적으로 동의서를 받는 행위는 산별교섭을 지향하고 있는 금속노조의 입장에서 현재의 중앙교섭을 스스로 부정하는 것과 같다"고 강력히 항의하고, 2005년 6월 14일 제10차 교섭에서 사용자측은 2005년 중앙교섭 잠정합의 전까지 사용자단체의정관과 임원 구성 등 세부사항을 마련하여, 2005년 중앙교섭 조인식 때 법인등록 된 사용자 단체 명의로 체결할 것을 확인하여 교섭을 정상화시켰다.

 2005년 7월 26일 잠정합의식에서 사용자측은 정관 확정 및 임원 구성을 위한 임시 총회를 개최를 8월 하순에 하여 사단법인 허가 신청을 9월 초에 하기로 확약하고, 사업 목적 중 "금속노조와의 단체교섭 및 협약 체결에 관한 사업", 권리와 의무사항 중 "중앙교섭 합의 사항" 준수, 이사 수를 현재 지역 대표 수준으로 유지할 것을 정관에 포함되도록 확약하였으며, 2005년 8월 30일 (가칭)사단법인 금속산업사용자협의회 발기인 대회를 개최하여 정관의 심의·의결, 임원의 선출, 회비 납부 규정 등을 확정하고 2005년 9월 9일 창립총회를 개최하였다.

 2005년 12월 23일 산업자원부 비영리법인설립허가신청서를 제출하였으나 정관상 "금속노조와 단체교섭 및 단체협약체결"이라는 주요 사업 내용의 성격상 노동부장관의 허가를 받는 것이 타당하다는 부처 간 협의에 따라 2006년 1월 20일 노동부로 이관되어 2006년 4월 24일 노동부장관으로부터 법인설립허가서를 받고 2006년 5월15일 법인설립등기를 함으로써 법인격을  갖춘 사용자단체로 출범하게 되었다.